五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海，留下宗介與媽媽相依為命。因此五歲的宗介從小就超齡的懂事，也知道自己必須擔起家中的責任，要代替父親照顧媽媽。一天當他在山崖下巖石遍布的海灘上玩耍，他拾回了一只頭困在玻璃瓶里的人魚波妞，宗介救出波妞并且將她養在一個綠色的塑膠水桶里。

　　波妞與宗介相互著迷。宗介跟波妞說：“別擔心，我會保護你、好好照顧你。”，但是波妞的父親魔法師藤本，逼著波妞跟他回海里。波妞堅決不肯并開始大吵大鬧，她心意已決，要變成人類小女孩回到宗介的身邊，于是波妞竟然決定離家出走。就在她離家之前，波妞把爸爸最珍藏的“生命之水”倒到海水里。這個舉動造成極大的動蕩，海平面開始快速上升，波妞的妹妹們都變成了魚形的巨大海浪并吞噬了宗介住的小鎮，還差點連宗介山崖上的家都波及。